Se desató una polémica después de que el excomosionado de Paz, Camilo Gómez asegurara que la JEP estaba “matriculando” al exjefe paramilitar Salvatore Mancuso en el Ejército para poder aceptarlo, es decir, según Gómez, esta jurisdicción había incorporado al exjefe paramilitar al Ejército.
Cabe recordar, que esta jurisdicción aceptó el sometimiento de Mancuso asegurando que cumplió un rol de “bisagra”, es decir, que ayudaba en las conexiones entre las fuerzas militares y el paramilitarismo; sin embargo, el presidente de la JEP , el magistrado Roberto Vidal, aclara que esto no significa que Mancuso haya pertenecido a la fuerza pública.
El expresidente Álvaro Uribe Vélez, ha cuestionado la decisión de la JEP de aceptar a Mancuso pero además señala que hay, supuestamente, una persecución en su contra por parte de magistrados y funcionarios de esta jurisdicción.
Cuando entramos en conocimiento de que pudo ocurrir un delito grave de los que nosotros investigamos pues nos quedan dos vías, hacer nosotros la investigación cuando somos competentes, o en el caso que no lo somos; lo enviamos a la autoridad competente para que realice esa investigación, no es otra cosa distinta la que hemos hecho. En manera alguna, cumplir con la ley y la constitución puede constituir una persecución
A su mencionó que «las garantías están ofrecidas para que todas las personas del país y todas las personas vinculadas en los procesos, porque son mencionadas y esa información judicial es confrontada, aparece que es plausible que eso sea así. Esas personas tienen garantías, pueden recurrir a sus abogados e ir además a las instancias pertinentes, ya sea dentro de la JEP o fuera de la JEP, y realizar su defensa; entonces cuando una autoridad actúa dentro del derecho usando el debido proceso, pues no se puede habar de manera alguna de persecución» explicó.
