En el curso de la investigación se detectó una posible apropiación ilegal de 30.242 millones de pesos.
Un fiscal de la Dirección Especializada contra la Corrupción imputo el delito de peculado por apropiación al expresidente de Almagrario, Álvaro Nicanor Hernández Manotas; al exgerente comercial de la entidad, José Fernando Salazar Chávez; la exvicepresidenta ejecutiva, Nancy del Socorro Álvarez Gómez; y al contratista Francisco Javier Arango Hoyos.
Estas personas habrían participado en un entramado delincuencial que, de acuerdo con un informe financiero presentado por Almagrario, generó a la entidad un detrimento patrimonial superior a 30.242 millones de pesos.
Los entonces directivos, entre 2007 y 2008, realizaron operaciones de exportación de café, a través de una empresa comercializadora internacional de la cual era representante Arango Hoyos. Las ventas de miles de sacos del producto fueron sustentadas en Certificados de Depósito de Mercancías (CDM), que eran los inventarios de existencia en bodegas, pero los dineros producto de las negociaciones no llegaron en su totalidad a la entidad.
Para cubrir este faltante, al parecer, se expidieron memorandos que aprobaban el desembolso de CDM anteriores, compras de café y el pago de obligaciones financieras anteriores.
En 2018, la Superintendencia Financiera expidió una resolución que calificó las operaciones cafeteras como una práctica no autorizada e insegura. El órgano de control detalló en su momento que Almagrario no tomó las medidas ni controles necesarios para garantizar el reintegro de los recursos provenientes de las exportaciones.
Para la fecha de los hechos, Almagrario era una empresa de economía mixta cuyo principal accionista era la desaparecida Caja Agraria. En ese sentido, los recursos que administraba eran de carácter público.
